La Estación de Penitencia es un acto de culto corporativo que constituye el culto público a Dios nuestro Señor y a su Madre, la Virgen Santísima, la Hermandad, cumpliendo con lo que señalan sus estatutos, celebra su principal acto de culto anual realizando su Estación de Penitencia a la Santa Iglesia Catedral, acompañando a sus Sagrados Titulares, tiene por objeto acudir a la Santa Iglesia Catedral, en oración, sacrificio y austeridad, uniéndose a Cristo paciente en su Vera Cruz de todos los pecados de los hombres y de los propios, procurando suplir a la Pasión de Cristo con nuestra propia pasión, y participando de la situación penitencial de la comunidad cristiana.
En el día en que se conmemora la muerte de nuestro Salvador, los hermanos de la Vera Cruz, revestidos de su característico estilo de severidad, silencio y compostura y con la naturalidad que ofrece el rito conocido, pero no aprendido, y como reflejo de un ensimismado estado interior, acompañan al Santísimo Cristo del Vera Cruz y a Nuestra Señora del Desamparo, como nazarenos, costaleros o acólitos, pero siempre en la conciencia de celebrar un solemne acto de culto público que se repite año tras año.
La Estación de Penitencia tiene lugar en la tarde del Lunes Santo.